地球に生息するエイリアンたちを監視し取り締まる最高機密機関〈メン・イン・ブラック（MIB）〉のNY本部に所属するエリート新人エージェントMはロンドン支部でエージェントHと組みMIB内部に潜伏するというスパイを摘発するミッションにあたるが…。